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USER™ 酶 |NEB酶试剂 New England Biolabs

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上海金畔生物科技有限公司代理New England Biolabs（NEB）酶试剂全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

产品信息

USER（尿嘧啶特异性切除试剂）酶（1）在尿嘧啶位置产生一个单核苷酸缺口。USER 酶是南极热敏尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）和 DNA 糖基酶-裂解酶核酸内切酶 VIII 的混合物。UDG 可催化切除尿嘧啶碱基，形成一个碱基（脱嘧啶）位点，同时保持结构完整的磷酸二酯键（2,3）。核酸内切酶 VIII 的裂解酶活性使脱碱基位点 3´ 和 5´ 端的磷酸二酯键断裂，从而释放无碱基的脱氧核糖（4,5）。

为帮助您选择最佳 DNA 组装方法，请使用我们的合成生物学/DNA 组装选择表。

图 2：USER 酶（NEB #M5505）、热敏 USER II 酶（NEB #M5508）和热稳定 USER III 酶（NEB #M5509）在 DNA 切割后产生不同的功能性末端产物。

USER™ 酶 |

除了最佳反应温度不同（USER 和热敏 USER II 酶为 37℃，热稳定 USER III 酶为 65℃）以及热失活能力不同（仅限热敏 USER II 酶），不同的 USER 酶还会在切割后产生不同的 3’ 和 5’ 末端产物。USER 酶（NEB #M5505）包含核酸内切酶 VIII，在切割后产生 3’ 和 5’ 磷酸末端。热敏 USER II 酶（NEB #M5508）包含核酸内切酶 III，在切割后产生 3′-磷酸-α、β-不饱和醛和 5′ 磷酸末端。热稳定 USER III 酶（NEB #M5509）包含核酸内切酶 IV，并产生 3′-羟基和 5′-脱氧核糖磷酸。

产品来源

这两种组分蛋白分别从大肠杆菌 K-12 菌株纯化获得，该菌株携带有质粒编码核酸内切酶 VIII 和尿嘧啶-DNA 糖基酶。

产品类别:
DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases Products

应用:
Applications of USER® and Thermolabile USER II Enzymes,
USER® Cloning,
DNA Assembly and Cloning,

High-throughput cloning and automation solutions

  • 产品组分信息

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • M5505S     -20    
        USER® Enzyme M5505SVIAL -20 1 x 0.05 ml 1,000 units/ml
        rCutSmart™ Buffer B6004SVIAL -20 1 x 1.25 ml 10 X
    • M5505L     -20    
        USER® Enzyme M5505LVIAL -20 1 x 0.25 ml 1,000 units/ml
        rCutSmart™ Buffer B6004SVIAL -20 1 x 1.25 ml 10 X

  • 特性和用法

    单位定义

    1 单位指在 10 μl 反应体系中，37℃ 条件下，15 分钟能切刻 10 pmol 含一个尿嘧啶碱基的 34 mer 双链寡核苷酸所需的酶量。

    反应条件

    1X rCutSmart™ 缓冲液
    Incubate at 37°C

    1X rCutSmart™ 缓冲液
    50 mM Potassium Acetate
    20 mM Tris-acetate
    10 mM Magnesium Acetate
    100 µg/ml Recombinant Albumin
    (pH 7.9 @ 25°C)

    贮存溶液

    10 mM Tris-HCl
    5 mM NaCl
    1 mM DTT
    0.1 mM EDTA
    175 µg/ml Recombinant Albumin
    50% Glycerol
    50 mM KCl
    pH 7.4 @ 25°C

    热失活

    否

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    • Monarch® PCR & DNA 纯化试剂盒（5 μg）
    • M0515 Q5U Hot Start High-Fidelity DNA Polymerase

  • 注意事项

    1. USER 酶在所有经测试的市售 PCR 缓冲液中都有活性。在 TE（10 mM Tris-HCl pH 8.0，0.1 mM EDTA）中也具有 100% 的活性。
    2. 37℃ 温育。

  • 参考文献

    1. Bitinaite, J. unpublished observations.
    2. Lindhal, T., Ljungquist, S., Siegert, W., Nyberg, B. and Sperens, B. (1977). J. Biol. Chem.. 252, 3286-3294.
    3. Lindhal, T. (1982). Annu. Rev. Biochem.. 51, 61-64.
    4. Melamede, R.J., Hatahet, Z., Kow, Y.W., Ide, H. and Wallace, S.S. (1994). Biochemistry. 33, 1255-1264.
    5. Jiang, D., Hatahet, Z., Melamede, R.J., Kow, Y.W. and Wallace, S.S. (1997). J. Biol. Chem.. 272, 32230-32239.

操作说明、说明书 & 用法

  • 使用指南

    • Activity of DNA Modifying Enzymes in rCutSmart™ Buffer
    • DNA Damage and PreCR
    • Traditional Cloning Quick Guide

工具 & 资源

  • 选择指南

    • Synthetic Biology/DNA Assembly Selection Chart

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. Will the USER Enzyme work in rCutSmart buffer?
    2. Where can I find information or a protocol for cloning with USER® Enzyme?
    3. During an NEBNext DNA library prep, which enzyme cleaves NEBNext DNA loop adaptors and uracil-containing single stranded loops?
    4. Can you tell me more about the switch from BSA to Recombinant Albumin (rAlbumin) in NEBuffers?

热敏 USER® II 酶 |NEB酶试剂 New England Biolabs

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上海金畔生物科技有限公司代理New England Biolabs（NEB）酶试剂全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

产品信息

热敏 USER®（尿嘧啶特异性切除试剂）II 酶在尿嘧啶位置产生一个单核苷酸缺口。热敏 USER II 酶是南极热敏尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）和 DNA 糖基酶-裂解酶核酸内切酶 III 的混合物。

图 2：USER 酶（NEB #M5505）、热敏 USER II 酶（NEB #M5508）和热稳定 USER III 酶（NEB #M5509）在 DNA 切割后产生不同的功能性末端产物。

热敏 USER® II 酶 |

除了最佳反应温度不同（USER 和热敏 USER II 酶为 37℃，热稳定 USER III 酶为 65℃）以及热失活能力不同（仅限热敏 USER II 酶），不同的 USER 酶还会在切割后产生不同的 3’ 和 5’ 末端产物。USER 酶（NEB #M5505）包含核酸内切酶 VIII，在切割后产生 3’ 和 5’ 磷酸末端。热敏 USER II 酶（NEB #M5508）包含核酸内切酶 III，在切割后产生 3′-磷酸-α、β-不饱和醛和 5′ 磷酸末端。热稳定 USER III 酶（NEB #M5509）包含核酸内切酶 IV，并产生 3′-羟基和 5′-脱氧核糖磷酸。
图 3：使用 USER 酶制备的 DNA 文库（用于接头切割）与使用热敏 USER II 酶制备的文库一致
热敏 USER® II 酶 |
（A）Illumina® 文库使用不同数量的起始 DNA（1 µg、100 ng、5 ng 或 0.5 ng）和 NEBNext® DNA Ultra™ II 文库制备试剂盒（含 USER 酶或热敏 USER II 酶）制备而成，适用于接头切割。文库分别使用 3、5、9 或 12 个循环进行 PCR 扩增，并在安捷伦生物分析仪（Agilent Bioanalyzer）上进行量化。热敏 USER II 酶的性能与 USER 酶相似，并且不会影响文库产量。（B）使用 USER 酶或热敏 USER II 酶制备的 DNA 测序文库具有合适的插入片段大小。（C）在使用 USER 酶或热敏 USER II 酶制备的文库中观察到明显的 GC 偏差。

ILLUMINA® 是 Illumina（因美纳）公司的注册商标
AGILENT® 和 BIOANALYZER® 是安捷伦科技有限公司的注册商标

产品类别:
DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases Products

应用:
Applications of USER® and Thermolabile USER II Enzymes,
USER® Cloning,
DNA Assembly and Cloning,

High-throughput cloning and automation solutions

  • 产品组分信息

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • M5508S     -20    
        Thermolabile USER® II Enzyme M5508SVIAL -20 1 x 0.05 ml 1,000 units/ml
        rCutSmart™ Buffer B6004SVIAL -20 1 x 1.25 ml 10 X
    • M5508L     -20    
        Thermolabile USER® II Enzyme M5508LVIAL -20 1 x 0.25 ml 1,000 units/ml
        rCutSmart™ Buffer B6004SVIAL -20 1 x 1.25 ml 10 X

  • 特性和用法

    单位定义

    1 单位指在 1X T4 DNA 连接酶缓冲液中，37℃ 条件下，当总反应体积为 10 µl 时，15 分钟能切刻 10 pmol 含一个尿嘧啶碱基的 34 mer 荧光双链寡核苷酸所需的酶量。

    反应条件

    1X rCutSmart™ 缓冲液
    Incubate at 37°C

    1X rCutSmart™ 缓冲液
    50 mM Potassium Acetate
    20 mM Tris-acetate
    10 mM Magnesium Acetate
    100 µg/ml Recombinant Albumin
    (pH 7.9 @ 25°C)

    在不同缓冲液中的活性

    rCutSmart™ Buffer: 100%
    NEBuffer™ r1.1: 100%
    NEBuffer™ r2.1: 100%
    NEBuffer™ r3.1: 100%

    贮存溶液

    15 mM Tris-HCl
    35 mM NaCl
    25 mM KCl
    1 mM DTT
    0.1 mM EDTA
    100 µg/ml BSA
    50% Glycerol
    pH 7.5 @ 25°C

    热失活

    65°C for 10 minutes

  • 相关产品

    相关产品

    • M0515 Q5U Hot Start High-Fidelity DNA Polymerase

    单独销售的组分

    • rCutSmart™ 缓冲液

  • 注意事项

    1. 热敏 USER II 酶在所有经测试的市售 PCR 缓冲液中都有活性。在 TE（10 mM Tris-HCl，pH 8.0，0.1 mM EDTA）中也具有 100% 的活性。

  • 参考文献

    1. Lindhal, T. et al. (1977). J. Biol. Chem. 252, 3286-3294.
    2. Lindhal, T. (1982). Annu. Rev. Biochem. 51, 61-64.

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Thermolabile USER® II Enzyme Applications in Next Generation Sequencing Library Preparation (M5508)
    2. Thermolabile USER® II Enzyme Standard Protocol (M5508)

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. What is the activity of Thermolabile USER II Enzyme in other buffers?
    2. Can Thermolabile USER Enzyme be heat inactivated?
    3. How is Thermolabile USER® II Enzyme different than USER Enzyme?
    4. Will Thermolabile USER II Enzyme (NEB #M5508) remove uracil from ssDNA and dsDNA?
    5. What applications are Thermolabile USER® II Enzyme best suited for?
    6. During an NEBNext DNA library prep, which enzyme cleaves NEBNext DNA loop adaptors and uracil-containing single stranded loops?
    7. Can you tell me more about the switch from BSA to Recombinant Albumin (rAlbumin) in NEBuffers?

热稳定 USER® III 酶 |NEB酶试剂 New England Biolabs

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上海金畔生物科技有限公司代理New England Biolabs（NEB）酶试剂全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

产品信息

热稳定 USER（尿嘧啶-特异性切除试剂）III 酶在尿嘧啶位置产生一个单核苷酸缺口。热稳定 USER III 酶是 Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）和有 DNA 糖基酶-裂解酶活性的核酸内切酶 IV的混合物。Afu UDG 可催化切除尿嘧啶碱基，形成一个脱碱基（脱嘧啶）位点，同时保持磷酸二酯骨架结构完整。核酸内切酶 IV 的裂解酶活性使脱碱基位点 3′ 和 5′ 端的磷酸二酯骨架断裂，从而释放无碱基的脱氧核糖，并产生 5′-脱氧核糖磷酸基（dRP）和 3′-羟基。热稳定 USER III 酶也具有 3′-二酯酶活性，可去除 3′ 磷酸、3′-α、β-不饱和醛、磷酸糖醛和其它 3′ 封闭基团。热稳定 USER III 酶在 50 – 75℃的条件下具有活性（在 65℃ 条件下观察到最佳活性）。

图 2：USER 酶（NEB #M5505）、热敏 USER II 酶（NEB #M5508）和热稳定 USER III 酶（NEB #M5509）在 DNA 切割后产生不同的功能性末端产物。

热稳定 USER® III 酶 |

除了最佳反应温度不同（USER 和热敏 USER II 酶为 37℃，热稳定 USER III 酶为 65℃）以及热失活能力不同（仅限热敏 USER II 酶），不同的 USER 酶还会在切割后产生不同的 3’ 和 5’ 末端产物。USER 酶（NEB #M5505）包含核酸内切酶 VIII，在切割后产生 3’ 和 5’ 磷酸基团。热敏 USER II 酶（NEB #M5508）包含核酸内切酶 III，在切割后产生 3′-磷酸-α、β-不饱和醛和 5′ 磷酸基。热稳定 USER III 酶（NEB #M5509）包含核酸内切酶 IV，并产生 3′-羟基和 5′-脱氧核糖磷酸基。

来源：

这两种组分蛋白分别从大肠杆菌菌株纯化获得，菌株携带编码核酸内切酶 IV 和 Afu UDG 的质粒。

 
产品类别:
DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases Products

应用:
DNA Assembly and Cloning,
High-throughput cloning and automation solutions

  • 产品组分信息

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • M5509S     -20    
        Thermostable USER® III Enzyme M5509SVIAL -20 1 x 0.05 ml 1,000 units/ml
        ThermoPol® Reaction Buffer B9004SVIAL -20 1 x 1.5 ml 10 X

  • 特性和用法

    单位定义

    1 单位是指在 1X Thermopol 缓冲液中，65℃ 条件下，当总反应体系为 10 µl 时，15 分钟能切刻 10 pmol 含一个尿嘧啶碱基的 60 mer 荧光标记的双链寡核苷酸所需的酶量。

    反应条件

    1X ThermoPol® 反应缓冲液
    Incubate at 65°C

    1X ThermoPol® 反应缓冲液
    20 mM Tris-HCl
    10 mM (NH4)2SO4
    10 mM KCl
    2 mM MgSO4
    0.1% Triton® X-100
    (pH 8.8 @ 25°C)

    贮存溶液

    15 mM Tris-HCl
    35 mM NaCl
    1 mM DTT
    0.1 mM
    100 µg/ml BSA
    50% Glycerol
    pH 7.4 @ 25°C

  • 优势和特性

    Features

    • 热稳定
    • 产生 3′-OH 和 5′-dRP（与 USER 酶或热敏 USER II 酶产生的末端不同）
     

  • 相关产品

    单独销售的组分

    • ThermoPol® 反应缓冲液套装

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Thermostable USER® III Enzyme Standard Protocol (M5509)

工具 & 资源

  • Web 工具

    • NEBioCalculator®

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. What is the activity of Thermostable USER® III Enzyme in other buffers?
    2. What temperature is Thermostable USER® III Enzyme active?
    3. How is Thermostable USER® III Enzyme different than USER Enzyme and Thermolabile USER II Enzyme?
    4. Will Thermostable USER® III Enzyme remove uracil from ssDNA and dsDNA?