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Afu UDG |NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品信息

Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（Afu UDG）是 E. coli 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）的热稳定的同源蛋白（1,2），来源于闪烁古生球菌（Archaeoglobus fulgidus）。该酶从含尿嘧啶的 DNA 上催化释放尿嘧啶，能有效地水解单链和双链 DNA 上的尿嘧啶。

产品来源

在大肠杆菌中克隆和过表达。

产品类别:
DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases Products

  • 产品组分信息

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • M0279S     -20    
        Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) M0279SVIAL -20 1 x 0.1 ml 2,000 units/ml
        ThermoPol® II (Mg-free) Reaction Buffer B9005SVIAL -20 1 x 1.5 ml 10 X

  • 特性和用法

    单位定义

    1 单位指每分钟从含尿嘧啶双链 DNA 上催化释放 60 pmol 尿嘧啶所需要的酶量。通过检测 65℃ 30 分钟内，从 50 µl 含 0.2 µg DNA（104-105cpm/µg）的反应体系中释放 [3H]-尿嘧啶的量来确定活性。

    反应条件

    1X ThermoPol® II（不含 Mg2+）反应缓冲液
    Incubate at 65°C

    1X ThermoPol® II（不含 Mg2+）反应缓冲液
    20 mM Tris-HCl
    10 mM (NH4)2SO4
    10 mM KCl
    0.1% Triton® X-100
    (pH 8.8 @ 25°C)

    贮存溶液

    10 mM Tris-HCl
    50 mM KCl
    1 mM DTT
    0.1 mM EDTA
    0.1 mg/ml Recombinant Albumin
    50% Glycerol
    pH 7.4 @ 25°C

    热失活

    否

    分子量

    理论上的: 22717 道尔顿

    比活度

    96 units/mg

    单位活性检测条件

    50 µl 总反应体系，含 1X ThermoPol II（不含 Mg2+）反应缓冲液、1 单位 Afu UDG、0.2 µg 3H-尿嘧啶 DNA（104 – 105 cpm/µg），65℃ 温育 30 分钟。

  • 相关产品

    单独销售的组分

    • ThermoPol® II (Mg-free) Reaction Buffer Pack

  • 注意事项

    1. Afu UDG 在 150 mM NaCl 存在的条件下，仍有 50% 的活性。在标准反应条件下煮沸 30 分钟后，Afu UDG 的活性低于 1%。
    2. 在标准反应条件下，尿嘧啶糖基酶抑制剂（UGI）不会抑制 Afu UDG 活性。

  • 参考文献

    1. Sandigursky, M. and Franklin, W. A. (1999). CurrentBiology. 9,
    2. Sandigursky, M. and Franklin, W. A. (2000). J. Biol.Chem.. 275,

操作说明、说明书 & 用法

  • 使用指南

    • DNA Damage and PreCR

工具 & 资源

  • 选择指南

    • Activities of DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases
    • DNA Repair Enzymes on Damaged and Non-standard Bases
    • Properties of DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. Will Afu UDG work in Thermopol Buffer?
    2. What is the molecular weight of Afu UDG?
    3. Is Afu UDG a tagged protein?
    4. I see that Afu UDG works optimally at 65°C. Do you have another glycosylase that works at lower temperatures?
    5. Does the Uracil Glycosylase inhibitor (UGI) inhibit Afu UDG?
    6. Does Afu UDG release uracil from ss and dsDNA?
    7. Does Afu UDG cut RNA?
    8. Are there any specific recommendations for the use of UDG on single stranded DNA?
    9. Will Afu UDG work in Fpg buffer?
    10. What is the activity of WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) in NEBuffers?

WarmStart® Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG） |NEB酶试剂 New England Biolabs

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上海金畔生物科技有限公司代理New England Biolabs（NEB）酶试剂全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

产品信息

配方中加入温度低于 42℃ 的条件下活性会受到抑制的可逆结合核酸适配体，来源于古生球菌属（Archaeoglobus fulgidus）的 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）可在温度 > 42℃ 的条件下高效催化含尿嘧啶的单链或双链 DNA 释放游离尿嘧啶。

图 1：WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）在温度低于 42℃ 的条件下未检测到活性。

WarmStart® Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG） |
（A）Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）（NEB #M0279）和 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）（NEB #M1282）的 UDG 活性温度曲线比较表明，在温度低于 42℃ 的条件下，WarmStart 的 UDG 活性会受到抑制。将 0.002 U 的 Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）或 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）与 1.8 pmol 荧光标记的且含一个尿嘧啶碱基的 47 mer 单链 DNA 寡核苷酸在不同温度（25 – 65℃）温育 30 分钟，测得 UDG 活性。尿嘧啶切除后，对生成的脱碱基位点进行化学切割（1M NaOH，85℃，10 分钟），然后在 Applied Biosystems 3730xl 基因分析仪（96 通道）上进行毛细管电泳（CE）片段分析。结果表明，虽然 WarmStart 版本的 Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）在 65℃ 时表现出与 Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶相似的活性，但 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）在 25℃ 时未检测到活性。

（B）低温范围（30 – 45℃）内且存在 dUTP 的情况下，使用 WarmStart Afu尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）（上图）、Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）（中图）或不使用 UDG（下图），对 Lambda DNA 的 500 bp 扩增子进行链置换扩增（SDA）。在不使用 UDG 的情况下，SDA 在整个温度范围内产生了一条 500 bp 的条带（下图），但温度 > 31℃ 时，SDA 受到 Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）的完全抑制（中图）。抑制扩增子生成的原因是尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）在低温下的固有活性，它会在含 dU 的扩增子中生成脱碱基位点，从而阻止其进一步扩增。然而，WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）的存在（上图）对含 dU 扩增子的扩增几乎没有影响，只是在 45℃ 左右时产物产量略有下降，这表明 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）在温度 > 42℃ 的条件下具有活性。

图 2：WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）可在 65℃ 时高效酶切含尿嘧啶的扩增产物。

WarmStart® Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG） |

 
（A）使用 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）避免 SDA 扩增后交叉污染的示意图。在不含 UDG 或含有 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）且 dUTP 存在的情况下，在 34℃ 时扩增 500 bp 扩增子，该情况下 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）无活性。SDA 后，将反应在 65℃ 温育 20 分钟，以便在先前引入的 dU 所在位置生成脱碱基位点。然后，在碱性条件下于 85℃ 温育 10 分钟，切割脱碱基位点的 DNA 骨架。

（B）在 65℃ 扩增和处理 20 分钟后，凝胶电泳观察显示，不含 UDG 和含有 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）的样品都有相似的 500 bp 扩增产物产量。然后，在碱性条件下于 85℃ 温育 10 分钟，切割脱碱基位点的 DNA 骨架。化学切割后，在不含 UDG 的反应中，500 bp 产物保持完整，但在含有 WarmStart Afu 尿嘧啶-DNA 糖基酶（UDG）的反应中，500 bp 产物的条带较弱且产物呈弥散状。

产品类别:
DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases Products

  • 产品组分信息

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • M1282S     -20    
        WarmStart® Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) M1282SVIAL -20 1 x 0.1 ml 2,000 units/ml
        ThermoPol® II (Mg-free) Reaction Buffer B9005SVIAL -20 1 x 1.5 ml 10 X

  • 特性和用法

    单位定义

    1 单位指在 1X Thermopol II 缓冲液中，65℃ 条件下，当总反应体积为 50 µl 时，在 30 分钟内，每分钟释放 60 pmol 荧光标记的且含一个尿嘧啶碱基的 47 mer 单链 DNA 寡核苷酸所需的酶量。

    反应条件

    1X ThermoPol® II（不含 Mg2+）反应缓冲液
    Incubate at 65°C

    1X ThermoPol® II（不含 Mg2+）反应缓冲液
    20 mM Tris-HCl
    10 mM (NH4)2SO4
    10 mM KCl
    0.1% Triton® X-100
    (pH 8.8 @ 25°C)

    贮存溶液

    10 mM Tris-HCl
    50 mM KCl
    1 mM DTT
    0.1 mM EDTA
    0.1 mg/ml Recombinant Albumin
    50% Glycerol
    pH 7.4 @ 25°C

    热失活

    否

    分子量

    理论上的: 22717 道尔顿

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    单独销售的组分

    • ThermoPol® II (Mg-free) Reaction Buffer Pack

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Protocol for WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) (NEB #M1282)

工具 & 资源

  • 选择指南

    • Activities of DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases
    • DNA Repair Enzymes on Damaged and Non-standard Bases
    • Properties of DNA Repair Enzymes and Structure-specific Endonucleases

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. What is the activity of WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) in NEBuffers?
    2. Will WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) work in Thermopol® Buffer?
    3. What is the molecular weight of WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG)?
    4. Is WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) a tagged protein?
    5. Does the Uracil Glycosylase inhibitor (UGI) inhibit WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG)?
    6. Does WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) release uracil from ss and dsDNA?
    7. Does WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) cut RNA?
    8. Will WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) work in Fpg buffer?
    9. What does WarmStart mean?
    10. How can WarmStart Afu Uracil-DNA Glycosylase (UDG) be used for carryover prevention?
    11. What is Strand Displacement Amplification (SDA)?