TriDye™ 超低分子量 DNA Ladder |NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品信息

TriDye™ 超低分子量 DNA Ladder 是一种预混合的即用型分子量 Marker，内含三种示踪染料。在非变性琼脂糖凝胶和聚丙烯酰胺电泳过程中，这些染料可用作监测迁移进度的可视化辅助。
 
DNA Ladder 包含 13 个大小在 10 bp 到 700 bp 范围的条带，其中大部分条带是使用限制性内切酶消化专有质粒所得。50 bp 和 300 bp 条带的强度更高，可用作参照带。此 ladder 适合用于非变性聚丙烯酰胺凝胶和琼脂糖凝胶电泳。

  • 推荐凝胶百分比范围：4% TBE 琼脂糖，10% 到 20% TBE 聚丙烯酰胺

 

电泳过程中 TriDye 染料的迁移*

TriDye™ 超低分子量 DNA Ladder |

 凝胶  二甲苯蓝  溴酚蓝  橙黄 G
 4% 琼脂糖  150 bp  20 bp  5 bp
 5% 琼脂糖  100 bp  15 bp  5 bp
 6% PAGE  400 bp  50 bp  15 bp
 10% PAGE  200 bp  30 bp  10 bp
 4% – 20% PAGE  300 bp  20 bp  10 bp
 20% PAGE  200 bp  20 bp  10 bp

*上述迁移速度均为近似值，会随迁移条件（TAE/TBE 缓冲液、缓冲液 pH 值、电压等）发生变化。

 

TriDye™ 超低分子量 DNA Ladder |
TriDye™ 超低分子量 DNA Ladder 在 4% TBE 琼脂糖凝胶和 20% TBE 聚丙烯酰胺凝胶上显示的结果。
上样量为每个泳道 0.5 µg。
建议上样体积为每个泳道 5 到 10 µl。
产品类别:
DNA Markers & Ladders Products

应用:
DNA Analysis

  • 产品组分信息

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • N0558S     4    
        TriDye™ Ultra Low Range DNA Ladder N0558SVIAL 4 1 x 1.25 ml 100 µg/ml

  • 特性和用法

    碱基

    Fragment Mass (ng) bp
    1 49 700
    2 46 650
    3 28 400
    4 63 300
    5 28 200
    6 11 150
    7 14 100
    8 21 75
    9 70 50
    10 10 35
    11 16 25
    12 19 15
    13 125 10

    有效大小范围

    10bp to 700bp

    贮存溶液

    10 mM Tris-HCl
    10 mM EDTA
    10% Glycerol
    0.006% Xylene Cyanol
    0.006% bromophenol blue
    0.06% Orange G
    pH 8 @ 25°C

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  • 注意事项

    1. DNA 制备：
      双链 DNA 以适当的限制性内切酶完全消化，经苯酚抽提，再在储存缓冲液中平衡。

    2. 上样建议：

      • 对于聚丙烯酰胺凝胶，每个泳道上样 5 µl（0.5 µg）的 TriDye™ 超低分子量 DNA Ladder。
      • 对于琼脂糖凝胶，每个泳道上样 10 µl（1 µg）的 TriDye™ 超低分子量 DNA Ladder。
    3. 用法建议：
      • 在琼脂糖凝胶上使用 DNA Ladder 时，建议在电泳胶和迁移缓冲液中使用 0.5 µg/ml 的溴化乙锭，以便清晰地显示最小的 DNA 片段。此外，建议灌制的凝胶厚度不要超过 5 mm，因为太厚的话，较小的 DNA 片段可能更易于扩散，并且更难有效染色。
      • 建议在琼脂糖凝胶和电泳缓冲液中使用 TBE 缓冲液，因为 TBE 缓冲液能更好地显示较小的 DNA 片段。使用 TAE 缓冲液时，15 bp 以下的片段可能无法有效分离。
      • 不建议使用 GelRed® 或 SYBR® 染料作为预制凝胶染料，因为这些染料可能会影响最小的 DNA 片段的迁移，导致条带异常。建议仅将这些染料作为电泳后染料。为了清晰地显示所有 DNA 片段，可能需要进行优化。某些条带的强度可能有所变化。
      • 如果使用宽电泳梳（10 mm）进行琼脂糖凝胶电泳，建议每个凝胶泳道上样 15 µl（1.5 µg）的 TriDye™ 超低分子量 DNA Ladder，以便有效地显示最小的 DNA 片段。
      • 为了清晰显示所有条带，建议尽量使用紫外线直接照射电泳胶，而不使用灌制托盘。即使是透紫外线托盘，也会使 DNA 片段在紫外线照射下变得模糊。
    4. 用法说明：
      • 在琼脂糖凝胶上使用 DNA Ladder 时，建议在电泳胶和迁移缓冲液中使用 0.5 µg/ml 的溴化乙锭，以便清晰地显示最小的 DNA 片段。此外，建议灌制的凝胶厚度不要超过 5 mm，因为太厚的话，较小的 DNA 片段可能更易于扩散，并且更难有效染色。
      • 建议在琼脂糖凝胶和电泳缓冲液中使用 TBE 缓冲液，因为 TBE 缓冲液能更好地显示较小的 DNA 片段。使用 TAE 缓冲液时，15 bp 以下的片段可能无法有效分离。
      • 不建议使用 GelRed® 或 SYBR® 染料作为预制凝胶染料，因为这些染料可能会影响最小的 DNA 片段的迁移，导致条带异常。建议仅将这些染料作为电泳后染料。为了清晰地显示所有 DNA 片段，可能需要进行优化。某些条带的强度可能有所变化。
      • 如果使用宽电泳梳（10 mm）进行琼脂糖凝胶电泳，建议每个凝胶泳道上样 15 µl（1.5 µg）的 TriDye™ 超低分子量 DNA Ladder，以便有效地显示最小的 DNA 片段。
      • 为了清晰显示所有条带，建议尽量使用紫外线直接照射电泳胶，而不使用灌制托盘。即使是透紫外线托盘，也会使 DNA 片段在紫外线照射下变得模糊。

  • 参考文献

    1. Sambrook, J., Fritsch, E. F. and Maniatis, T. (1989). Molecular cloning: A Laboratory Manual, (2nd ed.). 10.51-10.67. Cold Spring Harbor Laboratory Press.

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Protocol for loading TriDye™ Ultra Low Range DNA Ladder (NEB #N0558)

工具 & 资源

  • 选择指南

    • DNA Markers & Ladders Selection Tool

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. How much of the TriDye™ Ultra Low Range DNA Ladder should I load?
    2. Why do I only see 12 bands in the Ultra Low DNA Ladder?
    3. Should I use TBE or TAE buffer for my agarose gels?
    4. Can I use the TriDye™ Ultra Low Range DNA Ladder with GelRed® or SYBR® Dyes?
    5. Which polyacrylamide gels can I use?
    6. Why are some of the bands in the DNA Ladder fainter at the bottom of the gel?
    7. Why is the 10bp fragment fainter than the other fragments?