MspJI |NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品信息

MspJI 是一款经 EpiMark® 验证过的产品。它是一种修饰依赖型核酸内切酶，可以识别 mCNNR 位点并能在修饰的胞嘧啶 3´ 一侧 N9/N13 处酶切双链 DNA。能被识别的胞嘧啶修饰包括 C5-甲基化胞嘧啶（5-mC）和 C5-羟甲基化胞嘧啶（5-hmC）（1）。

此酶配有酶激活溶液，可用于 MspJI 的高效酶切。

在真核生物有机体中发现的最常见表观遗传学修饰为 CpG 或 CHG 位点处的甲基化标记。这些修饰位点的一部分由 MspJI 识别并酶切。

在完全甲基化的 CpG 位点处：
5´ . . . Y N mC G N R . . . 3´
3´ . . . R N G mC N Y . . . 5´

或 CHG 位点处：
5´ . . . Y mC H G R . . . 3´
3´ . . . R G D mC Y . . . 5´

R = A 或 G
Y = C 或 T
H = A 或 C 或 T（非 G）
D = A 或 G 或 T（非 C） 

MspJI 单独识别每个半甲基化位点并进行双向酶切，以分别生成 32 碱基或 31 碱基的片段。这些片段包含甲基化中心位点，并在各个末端具有 4 碱基 5´ 突出末端。MspJI 不会对未修饰的 DNA 进行酶切。

产品来源

大肠杆菌菌株，携带有克隆自分枝杆菌（Mycobacterium）属 JLS 菌株的 MspJI 基因。

产品类别:
Methylation Dependent Restriction Enzymes for Epigenetics Products,
Restriction Enzymes for Epigenetic Analysis,
Epigenetic Analysis Products,

Restriction Endonucleases H M Products

应用:
Restriction Enzymes for Epigenetics,
Restriction Enzyme Digestion

  • 产品组分信息

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • R0661S     -20    
        MspJI R0661SVIAL -20 1 x 0.04 ml 5,000 units/ml
        rCutSmart™ Buffer B6004SVIAL -20 1 x 1.25 ml 10 X
        Enzyme Activator Solution S0538SVIAL -20 1 x 0.1 ml 15 µM
    • R0661L     -20    
        MspJI R0661LVIAL -20 1 x 0.2 ml 5,000 units/ml
        rCutSmart™ Buffer B6004SVIAL -20 1 x 1.25 ml 10 X
        Enzyme Activator Solution S0538LVIAL -20 1 x 0.5 ml 15 µM

  • 特性和用法

    单位定义

    一个单位是指在 50 µl 的总反应体系中，37℃ 条件下，1 小时内酶切 1 µg pBR322（dcm+）DNA 所需的酶量。

    反应条件

    1X rCutSmart™ 缓冲液
    Supplement with 1X 酶激活溶液
    Incubate at 37°C

    1X rCutSmart™ 缓冲液
    50 mM Potassium Acetate
    20 mM Tris-acetate
    10 mM Magnesium Acetate
    100 µg/ml Recombinant Albumin
    (pH 7.9 @ 25°C)

    在不同缓冲液中的活性

    NEBuffer™ r1.1: <10%
    NEBuffer™ r2.1: <10%
    NEBuffer™ r3.1: <10%
    rCutSmart™ Buffer: 100%

    稀释兼容性

    • 稀释液 B

    贮存溶液

    10 mM Tris-HCl
    300 mM NaCl
    1 mM DTT
    0.1 mM EDTA
    500 µg/ml BSA
    50% Glycerol
    pH 7.4 @ 25°C

    热失活

    65°C for 20 minutes

    甲基化敏感性

    dam 甲基化: 不敏感
    dcm 甲基化: 不敏感
    CpG甲基化: 不敏感

  • 相关产品

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    • Monarch® PCR & DNA 纯化试剂盒（5 μg）

    单独销售的组分

    • rCutSmart™ 缓冲液

  • 注意事项

    1. 此酶已被用于表观遗传学分析，分析显示，在两条链中均含有甲基化的 CpG 位点的目标 DNA 可被 MspJI 酶切，以生成包含甲基化 CpG 位点的 32 bp 片段。可对获得的 32 bp 片段进行测序，以揭示 5-mC 修饰位点（Cohen-Karni et al.,（2011）PNAS 108: 11040-11045）。
    2. 过量使用酶会抑制酶切。您需要优化每种底物 DNA 进行完全酶切所需的酶量。
    3. 延长酶切时间、酶浓度或活化剂浓度高或甘油浓度 > 5% 等非理想的反应条件下可能出现星号活性，包括非甲基化 DNA 底物的酶切。为实现高效的专一性酶切，同时避免产生星号活性，您需要优化每种底物 DNA 所需的酶量。
    4. 可通过以下方式实现 5-mC 位点的最佳特异性酶切，在 1X 酶激活溶液中，将 MspJI 与 5-mC 识别位点的摩尔比介于 0.1:1 到 1:1 之间，酶切时间不超过 60 分钟。（MspJI 的摩尔浓度约为 7.4 μM）。
    5. 对 CpG、dcm 或 dam 甲基化均不敏感。
    6. 延长酶切时间、高浓度酶或 >5% 的甘油浓度可能产生星号活性

  • 参考文献

    1. Zheng, Y. et al. (2010). Nucl. Acids Res. doi:10, 1093/nar/gkq327.
    2. U.S. Publication No. 2010-0167942 Unpublished observation
    3. Cohen-Karni D et al. (2011). The MspJI family of modification dependent restriction endonucleases for epigenetic studies.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.. Jul 5;108(27):, 11040-5.

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Restriction Digest Protocol
    2. Protocol for generating 32 bp fragments from modified CpG sites in genomic DNA using MspJI, FspEI or LpnPI

  • 使用指南

    • Activity at 37°C for Restriction Enzymes with Alternate Incubation Temperatures
    • Activity of Restriction Enzymes in PCR Buffers
    • Cleavage Close to the End of DNA Fragments
    • Digestion of Agarose-Embedded DNA: Info for Specific Enzymes
    • Double Digests
    • Heat Inactivation
    • NEBuffer Activity/Performance Chart with Restriction Enzymes
    • Optimizing Restriction Endonuclease Reactions
    • Restriction Endonucleases – Survival in a Reaction
    • Restriction Enzyme Diluent Buffer Compatibility
    • Restriction Enzyme Tips
    • Single Letter Codes
    • Star Activity
    • Traditional Cloning Quick Guide

工具 & 资源

  • 选择指南

    • Alphabetized List of Recognition Sequences
    • Compatible Cohesive Ends and Generation of New Restriction Sites
    • Dam-Dcm and CpG Methylation
    • DNA Methylation Table
    • Enzymes with Multiple Recognition Sequences
    • Enzymes with Nonpalindromic Sequences
    • Frequencies of Restriction Sites
    • Isoelectric Points (pI) for Restriction Enzymes
    • Isoschizomers
    • NEB Diluent and Buffer Table
    • Restriction Enzymes for Epigenetics Selection Chart
    • Why Choose Recombinant Enzymes?

  • Web 工具

    • Competitor Cross-Reference Tool
    • DNA Sequences and Maps Tool
    • Double Digest Finder
    • Enzyme Finder
    • NEBcutter™ v3.0
    • NEBioCalculator®
    • REBASE®

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. How has MspJI been used for epigenetic studies?
    2. How can I minimize off target or star activity?
    3. Should I add more MspJI to get more cutting?
    4. Is this enzyme sensitive to dam, dcm or mammalian CpG methylation?
    5. Can you tell me more about the switch from BSA to Recombinant Albumin (rAlbumin) in NEBuffers?
    6. Can Gel Loading Dye, Purple 6X (B7024) be stored in cold temperatures?

  • 问题解决指南

    • Restriction Enzyme Troubleshooting Guide