Next® FFPE DNA 修复混合液 |NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品信息

Next® FFPE DNA 修复混合液 |

NEBNext FFPE DNA 修复混合液包含经过优化的酶和缓冲液，可在二代测序流程中修复 FFPE DNA。该混合液可用于任何二代测序文库制备流程的上游，适用于所有测序平台。
 

表 1：FFPE DNA 的损伤类型及 NEBNext FFPE DNA 修复混合液的修复能力

FFPE 样本损伤类型 是否可以被 FFPE DNA 修复酶混合液修复？
胞嘧啶脱氨成尿嘧啶 是
切刻和缺口 是
氧化碱基 是
3´ 末端封闭 是
DNA 片段化 否
DNA-蛋白交联 否

图 1：FFPE DNA 修复提高了 NGS 文库产量
Next® FFPE DNA 修复混合液 |
在构建文库之前，用 FFPE DNA 修复混合液处理胃癌 FFPE DNA，然后将处理过的样本和未处理的样本同时建库，再用 Agilent Bioanalyzer® 进行建库分析，结果显示，文库产量提高 101-458%。

图 2：FFPE DNA 修复提高了 NGS 文库产量
Next® FFPE DNA 修复混合液 |
在建库之前，用 FFPE DNA 修复混合液处理不同组织类型的 FFPE DNA 样本（25 ng 和 50 ng），然后将处理过的样本和未处理的样本同时建库。使用 Agilent Bioanalyzer 测定文库产量，并计算 NEBNext FFPE DNA 修复混合液处理前后文库产量的比值。结果显示，产量提高 101-458%。

图 3：FFPE DNA 修复混合液可提高 FFPE 样本的序列质量且不会产生新的突变
Next® FFPE DNA 修复混合液 |
使用标准 DNA 纯化法提取基因组 DNA。在建库和进行 Illumina® 测序之前，使用或不使用 NEBNext FFPE DNA 修复混合液处理 DNA 样本。
图 A：DNA 修复对可比对 read 百分比的影响。使用 BWA（1）将 read 与人类基因组（hg19）进行比对。
图 B：DNA 修复对双端测序操作流程中正确配对的 read 百分比的影响。

批次质控

所提供的单独批次均通过额外功能验证。单个试剂通过标准酶活性和质控分析，并同时满足各单独组分页面列出的严格的附加质控标准

产品类别:
FFPE DNA Products,
Next Generation Sequencing Library Preparation Products

  • 产品组分信息

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • M6630S     -20    
        NEBNext® FFPE DNA Repair Mix M6630SVIAL -20 1 x 0.048 ml Not Applicable
        NEBNext FFPE DNA Repair Buffer E6622AVIAL -20 1 x 0.156 ml Not Applicable
    • M6630L     -20    
        NEBNext® FFPE DNA Repair Mix M6630LVIAL -20 1 x 0.192 ml Not Applicable
        NEBNext FFPE DNA Repair Buffer E6622AAVIAL -20 1 x 0.624 ml Not Applicable

  • 特性和用法

    需要但不提供的材料

    建库试剂（例如：NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒，NEB #E7645）

    • 100% 乙醇
    • 无核酶水
    • 10 mM Tris-HCl（pH 8.0）或 0.1X TE
    • DNA LoBind 管（Eppendorf #022431021）
    • AMPure® XP Beads（Beckman Coulter, Inc. #A63881）
    • NEBNext 多样本接头引物试剂盒
    • 磁力架或磁力板（例如：NEBNext® 磁性分离架，NEB #S1515S；Alpaqua ® 96S 超磁性分离板，#A001322；或同等器材）
    • PCR 仪

操作说明、说明书 & 用法

  • 说明书

    产品说明书包含产品使用的详细信息、产品配方和质控分析。

    • manualM6630

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. Will the FFPE DNA Repair Mix ligate my DNA fragments?
    2. Will treating my DNA with the FFPE DNA Repair Mix hurt my downsteam reaction?
    3. Will the FFPE DNA Repair Mix blunt the ends of the DNA?
    4. Does the FFPE DNA Repair Mix insert random nucleotides into the sequence that it repairs?
    5. Does the FFPE DNA Repair Mix remove covalent modifications from DNA bases, such as methylation, biotin or digoxigenin?
    6. Does the FFPE DNA Repair Mix repair DNA-protein crosslinks?
    7. Does the FFPE DNA Repair Mix fix blocked 3’ ends?
    8. Can the FFPE DNA Repair Mix repair damage in both single and double stranded DNA? Or, does it require double stranded DNA as a template?
    9. If I had a DNA template with mutation sites (ie. 8-oxoguanine or deaminated cytosines) that are directly adjacent to each other on opposite strands would treatment with FFPE DNA Repair Mix cause a double strand nick/break?
    10. What gap lengths can be repaired with the FFPE DNA Repair Mix?
    11. Can the FFPE DNA Repair Mix repair bisulfite treated DNA?
    12. When working with fragmented DNA, will the ends be ligated together by the FFPE DNA Repair Mix Reaction Mix?
    13. How are abasic sites repaired by the FFPE DNA Repair Mix Reaction Mix?
    14. Can I use the FFPE DNA Repair Mix to repair other types of low quality DNA other than FFPE DNA?
    15. What is the difference between the NEBNext FFPE DNA Repair v2 Module (NEB #E7360) and the NEBNext FFPE DNA Repair Mix (NEB #M6630)?