Next® 多样本接头引物试剂盒 5（96 种 Unique 双端 Index 引物） |NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品信息

NEBNext 接头结合了一种新颖的发夹环形结构，能以更高的效率连接经过末端修复和加 dA 尾的 DNA 片段。此环形结构包含的一个 U，经 USER® 酶（UDG 和核酸内切酶 Endo VIII 的预混液）处理去除 U 后，环形结构打开使其可作 PCR 的底物。在 PCR 过程中，可通过使用 NEBNext Index 引物引入条形码，从而实现多重检测。此试剂盒包含 96 种预混合的独特的 i5 和 i7 Index 引物，封装在可穿透铝箔密封的一次性 96 孔板中。

NEBNext 寡核苷酸可与 NEBNext 产品以及其它标准 Illumina 兼容的文库制备方案联合使用。

NEB 也提供另外四组 UDI 引物（NEB #E6440、NEB #E6442、NEB #E6444、NEB #E6446），以及两种新的 UDI-UMI 接头（适用于 DNA 的 NEB #E7395 和适用于 RNA 的 NEB #E7416）。还提供双端 Index 引物（NEB #E7600、NEB #E7780），以及 12 个或 96 个单端 Index 引物（NEB #E7335、NEB #E7500、NEB #E7710、NEB #E7730、NEB #E6609）。甲基化的 NEBNext 接头也可用于重亚硫酸盐测序方案（NEB #E7535）。

如有更大量的需求，可通过 NEB 的客户定制解决方案部门购买定制大包装产品。如需了解更多信息，请联系 [email protected]。

流程：
NEBNext 接头专为 DNA、ChIP DNA 和 RNA（但不包括 Small RNA）文库制备而设计，能够实现高效的接头连接和高文库产量，并最大限度减少接头二聚体的形成。NEBNext 接头结合了一种新颖的发夹环形结构，能以更高的效率连接经过末端修复和加 dA 尾的 DNA 片段。此环形结构包含的一个 U，经 USER 酶（UDG 和核酸内切酶 Endo VIII 的预混液）处理去除 U 后，环形结构打开使其可作 PCR 的底物。在 PCR 过程中，可通过使用 NEBNext Index 引物引入条形码，从而实现多重检测。此试剂盒包含 96 种预混合的 8 碱基 Index 引物，封装在可穿透铝箔密封的一次性 96 孔板中。

如需使用 480 个 Index 引物进行多重检测，请将此试剂盒与 NEB #E6440、NEB #E6442、NEB #E6444 和 NEB #E6446 联合使用。

图 1：NEBNext 多样本接头引物试剂盒 5（96 种 Unique 双端 Index 引物）实验流程

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图 2：使用 NEBNext 接头和 Unique 双端 Index 引物可显著提高文库产量并最大限度减少接头二聚体

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以 100 ng 人类 NA19240 基因组 DNA（Coriell 研究所）为样本，用 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7805）制备 16 个文库。接头和引物来自 IDT® for Illumina -TruSeq® DNA UD Index（Illumina #20022370），或 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（96 种 Unique 双端 Index 引物）（NEB #E6440）。4 个 PCR 循环后，用 Agilent® TapeStation® 4000 定量文库。

A）采用 NEBNext 接头和 Unique 双端 Index 引物时，每个流程制备的 8 个文库的平均文库产量提高了 60%。

B）16 个文库的 TapeStation 迹线显示，使用 IDT for Illumina 接头和引物制备文库产生了接头二聚体（橙色箭头所示），而用 NEBNext 接头和引物制备文库未产生接头二聚体，且文库的产量也更高。

图 3：使用 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 5（96 种 Unique 双端 Index 引物）扩增的文库在 Illumina MiSeq 和 NovaSeq 6000 上均匀聚集。

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使用 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7805）和 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 5（96 种 Unique 双端 Index 引物）制备的 96 个文库以等摩尔浓度混合并用 Illumina MiSeq 和 NovaSeq 6000 测序。汇总了所有文库的 Reads 总数，并确定每个文库 Reads 总数所占的比例（每个文库的预期比例 = 1.04%）。96 个文库全都有效地聚集，并且在两种仪器上都以近似预期的频率出现。

图 4：NEBNext 多样本接头引物试剂盒 5（96 种 Unique 双端 Index 引物）以同等效率扩增文库。

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用人类 NA19240 基因组 DNA（Coriell 研究所）和 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7805）、Covaris 超声打断的 DNA 和 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）、或重亚硫酸盐转化 DNA 和 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒制备 96 个文库。使用 NEBNext Ultra II Directional RNA 文库制备试剂盒（NEB #E7760）和通用人类参考 RNA 制备 96 个文库。使用 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 5（96 种 Unique 双端 Index 引物）对文库进行 PCR 扩增，生成包含独特 i5 和 i7 Index 引物的文库。使用 Agilent TapeStation 4200 对文库 ，并通过汇总全部 96 个文库的总产量和计算每个文库的贡献进行均一化（每个文库的预期比例 = 1.04%）。每种文库制备方法的文库扩增效率都很稳定，而且全部 96 种 Unique Index 引物组合的效率都很一致。每根柱条代表至少 2 个技术重复的平均值。

图 5：利用 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1 – 5（96 种 Unique 双端 Index 引物）的 480 种引物扩增的文库在 Illumina NovaSeq 6000 上均匀地聚集

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针对 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1 – 5（96 种 Unique 双端 Index 引物）的每组引物使用 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）、NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7805）、或 NEBNext Ultra II Directional RNA 文库制备试剂盒（NEB #E7760），生成的 480 个文库以等摩尔浓度混合，并用 Illumina NovaSeq 6000 仪器测序。汇总了所有文库的 Reads 总数，并确定每个文库 Reads 总数所占的比例（每个文库的预期比例 = 0.21%）。全部 480 个文库都有效地聚集，并且都以近似预期的频率出现。

 
产品类别:
Next Generation Sequencing Library Preparation Products

  • 试剂盒组成

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • E6448S     -20    
        NEBNext® Adaptor for Illumina® E6612AVIAL -20 1 x 0.96 ml 15 µM
        USER® Enzyme E6610AVIAL -20 1 x 0.288 ml Not Applicable
        NEBNext® Unique Dual Index Primer Set 5 E6449AVIAL -20 1 x 10 μl/well 10 µM
    • E6448L     -20    
        NEBNext® Adaptor for Illumina® E6612AVIAL -20 4 x 0.96 ml 15 µM
        USER® Enzyme E6610AAVIAL -20 2 x 0.576 ml Not Applicable
        NEBNext® Unique Dual Index Primer Set 5 E6449AVIAL -20 4 x 10 μl/well 10 µM

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操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. Where can I find protocols for using NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (96 Unique Dual Index Primer Pairs)? (NEB #E6440, #E6442, #E6444, #E6446, #E6448)

  • 说明书

    产品说明书包含产品使用的详细信息、产品配方和质控分析。

    • manualE6448

  • 使用指南

    • E6448_UDI_IlluminaLRM
    • Forward Strand Workflow Sample Sheet for E6448: NovaSeq 6000 with v1.0 reagent kits, MiniSeq with Rapid reagent kits, MiSeq, HiSeq 2000/2500 (paired-end flow cell), HiSeq 3000/4000 (single-read flow cell)
    • Reverse Complement Workflow Sample Sheet for E6448: iSeq 100, MiniSeq with Standard reagent kits, NextSeq Systems, NovaSeq 6000 with v1.5 reagent kits, HiSeq 2000/2500 (single-read flow cell), HiSeq 3000/4000 (paired-end flow cell)

工具 & 资源

  • 选择指南

    • NEBNext® Multiplex Oligos Selection Chart

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. Are NEBNext adaptors and primers for Illumina validated in Next Generation Sequencing Workflows?
    2. What is the concentration of the adaptor and primers in the NEBNext Multiplex Oligos kits?
    3. Can I use the 96-well primer plate to do my PCR reactions?
    4. How many reactions worth of adaptor is in each well?
    5. Is the NEBNext adaptor methylated?
    6. Can I perform single read runs and still get both index sequences? Can I run both single read and paired-end recipes with dual-indexed libraries?
    7. Are dual indexed libraries compatible with single end sequencing?
    8. How many indices are available with NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (96 Unique Dual Index Primer Pairs) (NEB #E6440, E6442, E6444, E6446, and E6448)?
    9. Can the NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs) (NEB #E6440, #E6442, #E6444, #E6446, and #E6448) be used to address “index hopping” with Illumina patterned flow cells?
    10. What should I do if the sample sheet from the NEB.com website is not compatible with the software version I am using?
    11. Which sets of NEBNext Unique Dual Index Primer Pairs can be combined in a single Illumina sequencing run?
    12. What sequences need to be trimmed for NEBNext libraries that are sequenced on an Illumina instrument?