Next® DNA 快速片段化 & 文库制备试剂盒-Ion Torrent® |NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品信息

Next® DNA 快速片段化 & 文库制备试剂盒-Ion Torrent® |

NEBNext® DNA 快速片段化 & 文库制备试剂盒-Ion Torrent® 包含适用于酶促 DNA 片段化的试剂的预混液，并结合了末端修复。在进行接头连接和高保真文库扩增前，可最大限度减少样品损失，高效、可控地完成 DNA 剪切和末端平齐化。该试剂盒适用于 10 ng – 1µg 的起始量，工作流程时长不超过 2 小时，实际操作时间约为 12 分钟。

试剂盒中提供用于单重文库的接头和引物。要制备多样本文库，可使用 Thermo Fisher Scientific 的 Ion Xpress™ 检索序列接头。

如果首选机械剪切 DNA，则可使用不包含酶促片段化试剂的试剂盒。

DNA 文库制备工作流程（Ion Torrent）

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使用 NEBNext-Ion Torrent 试剂盒建库的代表性结果

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使用 NEBNext DNA 快速片段化 & 文库制备试剂盒-Ion Torrent，将 0.5 µg GC 含量不同的 3 个基因组 DNA 用于构建 200 bp 和 400 bp 文库，并经由安捷伦生物分析仪（Agilent® Bioanalyzer®）分析。

代表性 Ion Torrent 运行报告

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以大肠杆菌（K12 MG1655 菌株）基因组 DNA 为起始样品，利用 NEBNext DNA 快速片段化 & 文库制备试剂盒-Ion Torrent 制备文库的典型 Ion Torrent 文库运行报告。A. 比对汇总。生成了 72 Mb 数据，基因组平均覆盖度为 15.5 X，来自大约 50 万个 200 bp reads。B. 200 bp 的 read 长度直方图。

图 1：使用 Bioanalyzer® 2100（安捷伦科技有限公司）分析的片段化末端经修复的 DNA 的相对大小分布。

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1 µg 大肠杆菌（E. coli）DNA 先 25℃ 孵育 20 分钟后 70℃ 孵育 10 分钟进行片段化和末端修复。
图 2：使用 AMPure XP 磁珠片段筛选的最终文库大小分布。

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图 3：使用 E-Gel 片段筛选的最终文库大小分布。

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批次质控

所提供的单独批次均通过额外功能验证。单个试剂通过标准酶活性和质控分析，并同时满足各单独组分页面列出的严格的附加质控标准

产品类别:
Library Preparation for Ion Torrent Products

应用:
DNA Sequencing

  • 试剂盒组成

    本产品提供以下试剂或组分：

    NEB # 名称 组分货号 储存温度 数量 浓度
    • E6285L     -20    
        NEBNext DNA Library Primers for Ion Torrent™ E6291AAVIAL -20 1 x 0.5 ml Not Applicable
        T4 DNA Ligase E6288AAVIAL -20 1 x 0.2 ml Not Applicable
        Magnesium Chloride (MgCl2) (200 mM) E6295AAVIAL -20 1 x 0.25 ml Not Applicable
        NEBNext Stop Buffer E6294AAVIAL -20 1 x 0.25 ml Not Applicable
        NEBNext DNA Fragmentation Reaction Buffer E6287AAVIAL -20 1 x 0.1 ml Not Applicable
        NEBNext DNA Library Adaptors for Ion Torrent E6290AAVIAL -20 1 x 0.5 ml Not Applicable
        NEBNext DNA Fragmentation Master Mix E6286AAVIAL -20 1 x 0.1 ml Not Applicable
        T4 DNA Ligase Buffer for Ion Torrent E6296AAVIAL -20 1 x 0.2 ml Not Applicable
        TE Buffer E6299AAVIAL -20 1 x 7.75 ml 0.1 X
        Bst 2.0 WarmStart® DNA Polymerase E6277AAVIAL -20 1 x 0.05 ml Not Applicable
        NEBNext Q5 Hot Start HiFi PCR Master Mix E6629AAVIAL -20 2 x 1.25 ml 2 X

  • 特性和用法

    需要但不提供的材料

    • Agencourt® AMPure® XP Beads（贝克曼库尔特公司 #A63881）或 PCR 柱纯化试剂盒（Qiagen 或其它）
    • 80% 乙醇（新鲜制备）
    • 片段筛选所需材料 [E-Gel®（Life Technologies, Inc.）或 AMPURE XP Beads 等]
    • 磁力架或磁力板（例如 NEBNext®磁性分离架，NEB #S1515S；Alpaqua ® 96S Super Magnet Plate 磁性分离板，#A001322；或类似工具）

操作说明、说明书 & 用法

  • 操作说明

    1. NEBNext® Fast DNA Fragmentation & Library Prep Set for Ion Torrent™

  • 说明书

    产品说明书包含产品使用的详细信息、产品配方和质控分析。

    • manualE6285

FAQs & 问题解决指南

  • FAQs

    1. What sequencing platform can I use the NEBNext Fast DNA  Library Prep Sets for Ion Torrent reagents for?
    2. What type of starting material can be used with NEBNext Fast DNA Fragmentation & Library Prep Set for Ion Torrent?
    3. How much starting material do I need to use when preparing libraries using the NEBNext Fast DNA Fragmentation & Library Prep Set for Ion Torrent?
    4. Does the NEBNext Fast DNA Fragmentation & Library Prep Set for Ion Torrent work well for GC-rich DNA and AT-rich DNA?
    5. Can I use the NEBNext Fast DNA Fragmentation & Library Prep Set for Ion Torrent for preparing RNA?
    6. What methods for size selection can be used with Ion Torrent Library Preparation Kits?
    7. Are these reagents available in a customized format, larger format or 96 well formats?
    8. What do I do if my fragmented DNA is too short?
    9. The peak on my electropherogram trace is broader than I would like. How can I make the size range more narrow?
    10. Do I really need to vortex the fragmentation reactions, as described in the protocol? Will pipetting up and down work just as well?
    11. What methods for size selection can be used with Ion Torrent Library Preparation Kits?
    12. What do I do if my DNA is not being fragmented?
    13. Are DNA adaptors or oligonucleotides included in the NEBNext® products?
    14. Are NEBNext® products validated in Next Generation Sequencing workflows?